đường phố. Trường tư thục Hua, được thành lập vào năm 1997, cung cấp nhiều loại hình đào tạo Học tập suốt đời, vui lòng truy cập trang web của chúng tôi để biết thêm thông tin. www. bảo bối. giáo dục. sg.
Mô tả công việc
trách nhiệm
Hỗ trợ học viên tìm hiểu về Biopython với Tin sinh học
Xây dựng Biopython với nội dung Tin sinh học và bài tập cho học sinh
Truyền đạt cách sử dụng thực tế của Biopython với Tin sinh học cho sinh viên
Lập kế hoạch, chuẩn bị và tiến hành lớp học ảo kiêm thời gian thực chất lượng
Đảm bảo chất lượng và sự hiểu biết của học viên trong toàn bộ khóa học
Yêu cầu
Bằng cử nhân / thạc sĩ / tiến sĩ về tin sinh học, sinh học tính toán, khoa học dữ liệu hoặc một lĩnh vực liên quan
Nền tảng trong các ứng dụng điện toán, e. g. SPSS, “R”, Stata, Python, SQL, Python, PHP, R, jQuery
Kiến thức về tin sinh học, bộ gen, sinh học phân tử, ung thư hoặc các lĩnh vực sinh học liên quan
Nền tảng về Thống kê/Toán học/Khoa học Máy tính
Địa điểm
5 phút đi bộ từ tàu điện ngầm Jurong East
Vị trí này đã bị đóng và không còn nữa. Bạn có thể muốn xem các chương trình thực tập mới nhất khác tại đây
Tìm kiếm việc làm liên quan
- Công ty.
St. Trường tư thục Hua Pte Ltd - Chỉ định.
Biopython với giảng viên tin sinh học - Nghề nghiệp.
Giáo dục / Đào tạo - Ngành.
Dịch vụ công / Giáo dục / Xuất bản
Thảo luận về công việc này
Bạn có thể thảo luận về công việc này trên Clublance. com #kênh nghề nghiệp-việc làm hoặc trò chuyện miễn phí với các thành viên khác trong cộng đồng
Biopython là một bộ công cụ có sẵn miễn phí để tính toán sinh học được viết bằng Python bởi một nhóm các nhà phát triển quốc tế
Đó là một nỗ lực hợp tác phân tán để phát triển các thư viện và ứng dụng Python đáp ứng nhu cầu của công việc hiện tại và tương lai trong tin sinh học. Mã nguồn được cung cấp theo Giấy phép Biopython, cực kỳ tự do và tương thích với hầu hết mọi giấy phép trên thế giới
Chúng tôi là một dự án thành viên của Open Bioinformatics Foundation [OBF], người chăm sóc tên miền và lưu trữ cho danh sách gửi thư của chúng tôi, v.v. OBF được sử dụng để lưu trữ kho lưu trữ phát triển, trình theo dõi vấn đề và trang web của chúng tôi nhưng những thứ này hiện đã có trên GitHub
Vì vậy, bạn muốn đóng góp cho Biopython, phải không? . Đóng góp mới là huyết mạch của dự án. Tuy nhiên, nếu thực hiện không đúng cách, chúng có thể nhanh chóng lấy đi thời gian quý giá của nhà phát triển. [Chúng tôi cũng có công việc ban ngày. ] Đây là hướng dẫn ngắn về cách được đề xuất để đóng góp mã cho Biopython
Xem thêm chương về đóng góp trong Hướng dẫn [PDF]
Nếu bạn thực hiện được yêu cầu kéo với các thay đổi, bạn nên đọc ĐÓNG GÓP. đầu tiên mô tả cách kiểm tra tự động bao gồm kiểm tra kiểu được thực hiện
đóng góp phi mã
Ngay cả khi bạn cảm thấy chưa sẵn sàng hoặc chưa thể đóng góp mã, bạn vẫn có thể giúp đỡ. Luôn có những thứ có thể được cải thiện trên tài liệu [thậm chí chỉ cần đọc bản kiểm chứng hoặc cho chúng tôi biết nếu một phần không đủ rõ ràng]. Chúng tôi cũng cần những người trong danh sách gửi thư để trợ giúp các câu hỏi của người mới bắt đầu hoặc tham gia vào các cuộc tranh luận về các tính năng mới. Có lẽ bạn có thể đề xuất các ví dụ chung cho sách dạy nấu ăn wiki?
Tìm một dự án
Đóng góp tốt nhất là mã mà bạn đã sử dụng trong nghiên cứu hàng ngày của mình. Đây phải là mã mà bạn nghĩ có thể hữu ích cho người khác và không có lỗi. Nếu bạn đang nghĩ đến việc gửi mã này, hãy chuyển sang Bước 2, Gửi mã
Mặt khác, vẫn còn nhiều cách để đóng góp cho Biopython, cả liên quan đến viết mã và không. Một số điều mà bạn có thể giúp bao gồm
- Nhiều bài kiểm tra đơn vị. Một số mô-đun của chúng tôi vẫn chỉ có phạm vi kiểm tra đơn vị một phần
- Hỗ trợ cho nhiều chương trình hơn. Có nhiều chương trình tin sinh học khác nhau đang được phát triển. Xác định một cái hiện không có hỗ trợ trong Biopython và thêm hỗ trợ cho nó
- Hỗ trợ nhiều định dạng tệp hơn. Chúng ta có thể đọc và ghi nhiều định dạng tệp khác nhau, nhưng luôn có nhiều. Đối với trình tự và sắp xếp, trước tiên hãy xem các trang SeqIO và AlignIO. Lưu ý rằng trình phân tích cú pháp HTML cho các trang web cụ thể không được khuyến khích vì chúng yêu cầu bảo trì lâu dài
- Hỗ trợ cho cơ sở dữ liệu. Xác định cơ sở dữ liệu sinh học hiện không có hỗ trợ trong Biopython và thêm hỗ trợ cho nó
- Thêm kiểu dữ liệu mới. Bạn có thể thêm mã hoạt động với một loại dữ liệu mới. Đây là một lĩnh vực khó khăn, mặc dù. Tạo một loại dữ liệu mạnh mẽ và hữu ích mới rất khó và chúng tôi có thể do dự khi thêm thứ gì đó trừ khi nó đã được thử và kiểm tra
- Thêm thuật toán mới. Bạn có thể thêm một thuật toán nổi tiếng mới có thể hữu ích cho các nhà sinh vật học khác
- Xác minh trình phân tích cú pháp. Khi Biopython hỗ trợ ngày càng nhiều cơ sở dữ liệu, khó khăn trong việc duy trì các trình phân tích cú pháp định dạng tăng lên. Các định dạng này đang thay đổi rất nhanh. Vì vậy, chúng tôi cần xác minh định kỳ rằng các trình phân tích cú pháp vẫn đang hoạt động. Ví dụ: trình phân tích cú pháp GenBank cần được kiểm tra để đảm bảo rằng nó xử lý từng kết xuất mới của GenBank
- Kiểm tra hồi quy. Biopython sử dụng khung kiểm tra hồi quy để đảm bảo mã đang hoạt động. Mặc dù hầu hết các chức năng trong Biopython đã được thử nghiệm nhưng vẫn còn một số lỗ hổng
- Tài liệu. Hướng dẫn chưa hoàn chỉnh và có thể sử dụng một số công việc. Người dùng mới có thể đặc biệt hữu ích ở đây khi bạn tìm hiểu các gói mới. Tài liệu API của chúng tôi cũng có thể thực hiện với một số công việc, hãy xem các quy ước viết mã bên dưới
- tin đăng. Nếu bạn theo kịp danh sách gửi thư [có khối lượng khá thấp], chúng tôi cần ai đó giúp tóm tắt các bài đăng và sự kiện quan trọng thành các mục tin tức
gửi mã
Nói chung, chúng tôi sẽ xem xét bất kỳ mã nào có thể áp dụng cho dữ liệu sinh học hoặc hóa học. Vui lòng không gửi mã có chức năng trùng lặp phần lớn với mã đã có trong Biopython, trừ khi có một cải tiến rõ ràng và bạn có kế hoạch tích hợp mã
Trước khi bạn gửi nó, xin vui lòng kiểm tra xem
- Nó được khái quát hóa và có khả năng hữu ích cho những thứ khác
- Các phụ thuộc là hợp lý. Thêm hỗ trợ cho công cụ dòng lệnh của bên thứ ba là tốt, nhưng yêu cầu thêm thư viện python cần thảo luận. Sự phụ thuộc vào phần mềm nguồn đóng thương mại có thể sẽ không được chấp nhận cho Biopython
- Mã sẽ được cấp phép với giấy phép Biopython
- Bạn phải có quyền hợp pháp để đóng góp và cấp phép cho nó theo giấy phép Biopython
- Bạn nhiệt tình về việc duy trì nó và trả lời các báo cáo lỗi
- Bạn đã bao gồm các chuỗi tài liệu trong mã và sẵn sàng viết tài liệu
- Bạn đã viết hoặc sẵn sàng viết một bài kiểm tra đơn vị cho mã mới
Nếu tất cả các điều khoản này có vẻ chấp nhận được, vui lòng gửi mô tả mã của bạn tới biopython@biopython. org [xem Danh sách gửi thư]. Đảm bảo đăng ký vào danh sách gửi thư biopython trước khi gửi thư, nếu không thư của bạn sẽ bị máy chủ thư loại bỏ [điều này được thực hiện để tránh thư rác trong danh sách gửi thư]. Không gửi mã trực tiếp đến danh sách gửi thư của biopython. Thay vào đó, vui lòng sử dụng trang GitHub của chúng tôi bằng cách tạo sự cố và đính kèm [các] tệp hoặc liên kết với nhánh GitHub của bạn
quy ước mã hóa
Biopython cố gắng tuân theo các quy ước mã hóa được nêu trong PEP 8 và PEP 257. Điểm nhấn quan trọng là
- Các lớp phải theo kiểu AllFirstLetterUppercase
- Các hàm phải ở dạng chữ thường_separated_by_underscores
- Các biến có kiểu chữ thường_separated_by_underscores hoặc chữ thườngmungedtogether, tùy thuộc vào sở thích của bạn và độ dài của biến
- _single_leading_underscores để chỉ ra các hàm hoặc lớp bên trong mà người dùng không nên gọi trực tiếp
- Các tab không tốt. Hầu hết mọi người trong cộng đồng Python hiện không thích các tab và thay vào đó thích sử dụng 4 dấu cách để thụt lề. Hầu hết các trình soạn thảo có thể giúp bạn giải quyết vấn đề này [ví dụ: chế độ python của Emacs sử dụng quy tắc 4 dấu cách]. Công cụ/tập lệnh/reindent. py trong bản phân phối Python sẽ giúp loại bỏ các tab trong tệp
Một ngoại lệ đáng chú ý là tên mô-đun, nơi chúng tôi có xu hướng sử dụng trường hợp tiêu đề. Với nhận thức muộn màng, điều này thật đáng tiếc, nhưng chúng tôi bị hạn chế bởi khả năng tương thích ngược
Epydoc và/hoặc Sphinx apidoc đang được sử dụng để tạo tài liệu tự động về mã nguồn, do đó, việc đưa các nhận xét hữu ích vào mã của bạn chắc chắn sẽ hữu ích để chúng được phản ánh trong tài liệu API [ngoài tất cả các lý do thông thường để lập tài liệu mã
Chúng tôi thường không làm bất cứ điều gì cầu kỳ để thử và định dạng các nhận xét trong mã - nhưng chúng được hiểu là đánh dấu reStructuredText cho phép những thứ như dấu đầu dòng và chữ in nghiêng. Điều này không lạ mắt, nhưng nó hiệu quả và dễ dàng hơn khi cố gắng xử lý vô số cách khác nhau để thử và cấu trúc các nhận xét mã nguồn