Pip cài đặt biopython

Đảm bảo bạn có thể chạy pip từ dòng lệnh¶

Ngoài ra, bạn cần đảm bảo rằng bạn có sẵn pip . Bạn có thể kiểm tra điều này bằng cách chạy.

Unix/macOS

py --version

py -m pip --version

Nếu bạn đã cài đặt Python từ nguồn, với trình cài đặt từ python. org hoặc qua Homebrew, bạn đã có pip. Nếu bạn đang sử dụng Linux và được cài đặt bằng trình quản lý gói hệ điều hành, bạn có thể phải cài đặt pip riêng, xem Cài đặt pip/setuptools/wheel với Trình quản lý gói Linux.

Nếu

py --version

Unix/macOS

py --version

py --version

Nếu điều đó vẫn không cho phép bạn chạy

py -m pip --version

• Tải xuống an toàn get-pip. py 1

• Chạy

  py --version
  

  62. 2 Điều này sẽ cài đặt hoặc nâng cấp pip. Ngoài ra, nó sẽ cài đặt công cụ thiết lập và bánh xe nếu chúng chưa được cài đặt .

  Cảnh báo

  Hãy thận trọng nếu bạn đang sử dụng bản cài đặt Python do hệ điều hành của bạn hoặc trình quản lý gói khác quản lý. get-pip. py không phối hợp với các công cụ đó và có thể khiến hệ thống của bạn ở trạng thái không nhất quán. Bạn có thể sử dụng

  py --version
  

  63 để cài đặt trong

  py --version
  

  64 được thiết kế cho phần mềm cài đặt cục bộ

Đảm bảo pip, setuptools và bánh xe được cập nhật¶

Mặc dù chỉ riêng

py --version

py --version

py --version

Unix/macOS

py -m pip --version

py -m pip --version

Tùy chọn, tạo một môi trường ảo¶

Xem phần bên dưới để biết chi tiết, nhưng đây là venv 3 command to use on a typical Linux system:

Unix/macOS

py --version

py --version

Thao tác này sẽ tạo một môi trường ảo mới trong thư mục con

py --version

py -m pip --version

Tạo môi trường ảo¶

"Môi trường ảo" Python cho phép gói Python được cài đặt ở một vị trí biệt lập cho một ứng dụng cụ thể, thay vì được cài đặt trên toàn cầu. Nếu bạn đang muốn cài đặt các công cụ dòng lệnh chung một cách an toàn, hãy xem Cài đặt các công cụ dòng lệnh độc lập .

Hãy tưởng tượng bạn có một ứng dụng cần phiên bản 1 của LibFoo, nhưng một ứng dụng khác yêu cầu phiên bản 2. Làm thế nào bạn có thể sử dụng cả hai ứng dụng này? . 6/site-gói (hoặc bất kể vị trí tiêu chuẩn của nền tảng của bạn là gì), rất dễ dẫn đến tình huống bạn vô tình nâng cấp một ứng dụng không nên nâng cấp

Hay tổng quát hơn, nếu bạn muốn cài đặt một ứng dụng và để yên thì sao?

Ngoài ra, nếu bạn không thể cài đặt gói vào thư mục gói trang web toàn cầu thì sao? .

Trong tất cả các trường hợp này, môi trường ảo có thể giúp bạn. Họ có thư mục cài đặt riêng và họ không chia sẻ thư viện với các môi trường ảo khác

Hiện tại, có 2 công cụ phổ biến để tạo môi trường ảo Python

• venv có sẵn theo mặc định trong Python 3. 3 trở lên và cài đặt pip và công cụ thiết lập vào môi trường ảo đã tạo trong . 4 trở lên.

• virtualenv cần được cài đặt riêng nhưng hỗ trợ Python 2. 7+ và Python3. 3+ và pip , công cụ thiết lập và wheel are always installed into created virtual environments by default (regardless of Python version).

Cách sử dụng cơ bản là như vậy

Sử dụng venv .

Unix/macOS

py --version

py --version

Sử dụng virtualenv .

Unix/macOS

py --version

py --version

Để biết thêm thông tin, hãy xem tài liệu venv hoặc virtualenv docs.

Việc sử dụng nguồn trong hệ vỏ Unix đảm bảo rằng các biến của môi trường ảo được đặt trong hệ vỏ hiện tại chứ không phải trong quy trình con (sau đó biến mất, không có tác dụng hữu ích)

Trong cả hai trường hợp trên, người dùng Windows không nên _không_ sử dụng lệnh nguồn mà nên chạy tập lệnh kích hoạt trực tiếp từ trình bao lệnh như vậy

py --version

Quản lý trực tiếp nhiều môi trường ảo có thể trở nên tẻ nhạt, vì vậy hướng dẫn quản lý phụ thuộc giới thiệu một công cụ cấp cao hơn, Pipenv, that automatically manages a separate virtual environment for each project and application that you work on.

Sử dụng pip để cài đặt¶

pip là trình cài đặt được đề xuất. Dưới đây, chúng tôi sẽ đề cập đến các tình huống sử dụng phổ biến nhất. Để biết thêm chi tiết, hãy xem tài liệu pip , bao gồm Hướng dẫn tham khảo.

Cài đặt từ PyPI¶

Cách sử dụng phổ biến nhất của pip là cài đặt từ Chỉ mục gói Python using a requirement specifier. Generally speaking, a requirement specifier is composed of a project name followed by an optional bộ xác định phiên bản tùy chọn. PEP 440 chứa thông số kỹ thuật đầy đủ của các bộ xác định hiện được hỗ trợ. Dưới đây là một số ví dụ.

Để cài đặt phiên bản mới nhất của “SomeProject”

Unix/macOS

py --version

py --version

Để cài đặt một phiên bản cụ thể

Unix/macOS

py --version

>>> python --version
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
NameError: name 'python' is not defined

Để cài đặt lớn hơn hoặc bằng một phiên bản và nhỏ hơn một phiên bản khác

Unix/macOS

>>> python --version
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
NameError: name 'python' is not defined

>>> python --version
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
NameError: name 'python' is not defined

Để cài đặt một phiên bản “tương thích” với một phiên bản nhất định. 4

Unix/macOS

>>> python --version
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
NameError: name 'python' is not defined

>>> python --version
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
NameError: name 'python' is not defined

Trong trường hợp này, điều này có nghĩa là cài đặt bất kỳ phiên bản nào “==1. 4. *” cũng là “>=1. 4. 2”

Phân phối nguồn so với Bánh xe¶

pip có thể cài đặt từ Phân phối nguồn (sdist) hoặc Wheels, but if both are present on PyPI, pip will prefer a compatible wheel. You can override pip`s default behavior by e.g. using its –không nhị phân .

Bánh xe là định dạng phân phối dựng sẵn giúp cài đặt nhanh hơn so với Source Distributions (sdist), especially when a project contains compiled extensions.

Nếu pip không tìm thấy bánh xe để cài đặt, nó sẽ tạo cục bộ bánh xe và lưu vào bộ đệm cho các lần cài đặt sau, thay vì xây dựng lại .

Gói nâng cấp¶

Nâng cấp một

py --version

Unix/macOS

>>> python --version
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
NameError: name 'python' is not defined

>>> python --version
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
NameError: name 'python' is not defined

Cài đặt vào trang web của người dùng¶

Để cài đặt gói được cách ly với người dùng hiện tại, hãy sử dụng cờ

py --version

Unix/macOS

>>> python --version
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
NameError: name 'python' is not defined

>>> python --version
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
NameError: name 'python' is not defined

Để biết thêm thông tin, hãy xem phần Cài đặt người dùng từ tài liệu pip

Lưu ý rằng cờ

py --version

Nếu

py --version

py --version

py --version

py --version

py --version

• Trên Linux và macOS, bạn có thể tìm thấy thư mục nhị phân cơ sở người dùng bằng cách chạy

  py --version
  

  88 và thêm

  py --version
  

  89 vào cuối. Ví dụ: điều này thường sẽ in

  py -m pip --version
  

  60 (với

  py -m pip --version
  

  61 được mở rộng thành đường dẫn tuyệt đối đến thư mục chính của bạn), vì vậy bạn sẽ cần thêm

  py -m pip --version
  

  62 vào

  py --version
  

  85 của mình. Bạn có thể đặt vĩnh viễn

  py --version
  

  85 của mình bằng cách sửa đổi ~/. Hồ sơ

• Trên Windows, bạn có thể tìm thấy thư mục nhị phân cơ sở người dùng bằng cách chạy

  py -m pip --version
  

  65 và thay thế

  py -m pip --version
  

  66 bằng

  py -m pip --version
  

  67. Ví dụ: điều này có thể trả về

  py -m pip --version
  

  68, vì vậy bạn cần đặt

  py --version
  

  85 của mình để bao gồm

  py -m pip --version
  

  70. Bạn có thể đặt vĩnh viễn người dùng của mình

  py --version
  

  85 trong Bảng điều khiển. Bạn có thể cần đăng xuất để thay đổi

  py --version
  

  85 có hiệu lực

Hồ sơ yêu cầu¶

Cài đặt danh sách các yêu cầu được chỉ định trong Tệp yêu cầu .

Unix/macOS

>>> python --version
Traceback (most recent call last):
  File "", line 1, in 
NameError: name 'python' is not defined

In [1]: import sys
        !{sys.executable} --version
Python 3.6.3

Cài đặt từ VCS¶

Cài đặt dự án từ VCS ở chế độ “có thể chỉnh sửa”. Để biết chi tiết đầy đủ về cú pháp, hãy xem phần của pip trên Hỗ trợ VCS .

Unix/macOS

In [1]: import sys
        !{sys.executable} --version
Python 3.6.3

In [1]: import sys
        !{sys.executable} --version
Python 3.6.3

Cài đặt từ các Chỉ mục khác¶

Cài đặt từ một chỉ mục thay thế

Unix/macOS

In [1]: import sys
        !{sys.executable} --version
Python 3.6.3

In [1]: import sys
        !{sys.executable} --version
Python 3.6.3

Tìm kiếm chỉ mục bổ sung trong khi cài đặt, ngoài PyPI

Unix/macOS

In [1]: import sys
        !{sys.executable} --version
Python 3.6.3

In [1]: import sys
        !{sys.executable} --version
Python 3.6.3

Cài đặt từ cây src cục bộ¶

Cài đặt từ src cục bộ trong Chế độ phát triển , tôi. e. theo cách mà dự án dường như đã được cài đặt, nhưng vẫn có thể chỉnh sửa được từ cây src.

Unix/macOS

In [1]: import sys
        !{sys.executable} --version
Python 3.6.3

In [1]: import sys
        !{sys.executable} --version
Python 3.6.3

Bạn cũng có thể cài đặt bình thường từ src

Unix/macOS

In [1]: import sys
        !{sys.executable} --version
Python 3.6.3

py --version

Cài đặt từ kho lưu trữ cục bộ¶

Cài đặt một tệp lưu trữ nguồn cụ thể

Unix/macOS

py --version

py --version

Cài đặt từ thư mục cục bộ chứa tệp lưu trữ (và không chọn PyPI )

Unix/macOS

py --version

py --version

Cài đặt từ các nguồn khác¶

Để cài đặt từ các nguồn dữ liệu khác (ví dụ: bộ lưu trữ Amazon S3), bạn có thể tạo ứng dụng trợ giúp trình bày dữ liệu ở định dạng chỉ mục tuân thủ PEP 503 và sử dụng cờ

py -m pip --version

py --version

Cài đặt bản phát hành trước¶

Tìm các phiên bản tiền phát hành và phát triển, ngoài các phiên bản ổn định. Theo mặc định, pip chỉ tìm thấy các phiên bản ổn định

Unix/macOS

py --version

py --version

Cài đặt “Extras”¶

Các tính năng bổ sung là "biến thể" tùy chọn của một gói, có thể bao gồm các phần phụ thuộc bổ sung và do đó kích hoạt chức năng bổ sung từ gói. Nếu bạn muốn cài đặt một gói bổ sung cho một gói mà bạn biết đã xuất bản một gói, bạn có thể đưa nó vào lệnh cài đặt pip

Unix/macOS

py --version

py --version

“An toàn” trong ngữ cảnh này có nghĩa là sử dụng trình duyệt hiện đại hoặc công cụ như curl để xác minh chứng chỉ SSL khi tải xuống từ URL https

Làm cách nào để cài đặt Biopython trong Pip?

Làm cách nào để cài đặt Biopython trong Mã VS?

Làm cách nào để cài đặt trình quản lý gói pip?

Biopython có khác với Python không?